The history of this church  is connected with Jesuits, who arrived to the capital city of Krakow in 1579. Originally the monks settled in the St. Stephen Church (standing at this time in the south-east corner of the square of the current Szczepanski Square), and within a few following years, thanks to the support of King Stefan Batory, acquired for their own the  Church St. Barbara.  However, it was too small to meet big plans for the pastoral work of the Jesuits Order. As a result of these drawbacks, almost from the beginning the Jesuits were seeking the opportunity to build a new, own church. It was not an easy matter in sixteenth-century Krakow densely built-up. But after some time of efforts they succeeded and built the new church. The solemn consecration took place on 8 July 1635. In 1722 in the church was fenced. The fence build in front of the main facade has the form of twelve pedestals, with large statues of the apostles. They can been seen from Grodzka Street.

The vast majority of pilgrims visitting the church go to the crypt of priest Piotr Skarga, where they pray for different intentions, as evidenced by the number of cards with requests and thanks left there.

Historia tego kościoła wiąże się z zakonem jezuitów, który przybył do dawnej stolicy Polski, Krakowa w 1579 roku.  Początkowo zakonnicy osiedlili się w kościele św.  Szczepana (wówczas stał on w południowo-wschodnim narożniku Placu Szczepańskiego) , a w ciągu kilku następnych lat, dzięki wsparciu króla Stefana Batorego, nabyli własny kościół św. Barbary. Jednak kościół ten był zbyt mały z uwagi na duże plany pracy duszpasterskiej zakonu. W wyniku tej sytuacji, jezuici szukali możliwości zbudowania nowego, większego kościoła. Nie było to łatwe zadanie w XVI-wiecznym Krakowie, który był gęsto zabudowany. Jednak po pewnym czasie plany budowy kościoła się  ziściły. Uroczysta konsekracja odbyła się w dniu 8 lipca 1635 roku. W 1722 roku zostało wykonane ogrodzenie placu przed fasadą w postaci dwunastu postumentów, z dużymi figurami apostołów, których możemy zobaczyć z ulicy Grodzkiej.

Zdecydowana większość pielgrzymów odwiedzających kościół św. Piotra i Pawła udaje się do krypty księdza Piotra Skargi, gdzie modlą się w różnych intencjach. Świadczą o tym liczne pozostałe karty z prośbami i podziękowaniami.